Enda Dominicana posee una Junta de Directores local y una Asamblea General, como espacios de dirección. La Asamblea General está compuesta por todos los entes participativos de la institución, como son las organizaciones amigas, los profesionales voluntarios, organizaciones líderes comunitarias, entre otros; se reúne cada tres años para renovar su Junta Directiva, rendir informes técnicos y financieros al pleno sobre las actividades llevadas a cabo en los diferentes proyectos.

La Junta Directiva está formada por cinco miembros y el representante de enda T.M. (quien funge como miembro asesor sin voto); es la encargada de buscar nuevos proyectos a la institución. En sus reuniones la Junta Directiva es acompañada por el Director Ejecutivo de enda Dominicana, quien sirve de mediador para informar sobre los avances en trabajos realizados y las necesidades para la continuidad de operaciones. Sus miembros actuales son: